Действие игры разворачивается спустя несколько столетий после событий, описанных в The Legend of Zelda: Ocarina of Time Идеологически игра развивает концепцию Ocarina of Time, предоставляя игроку целостный мир, множество уникальных героев и ещё больше свободы действия. В этой части Линк путешествует по затопленному миру Хайрул с целью спасти принцессу Зельду и остановить безжалостного Ганона.